文件不配合工作也没关系。除非进事业单位或者国企，否则必须在工作单位备案。以后如果你考上了事业编制或者处理各种人事档案问题，包括你的组织关系、正定级、职称评定等。，你可以通过人事代理处处理。
通常在系统工作的朋友的档案一般都要求转到工作单位，但也可以放在人才中心。如果是在私企或者自由职业者工作，档案不用跟工作。文件是否应该跟随工作，需要妥善保管和处理。